Основные проблемы конечно будут у малого и среднего бизнеса.

Надо будет брать на работу квалифицированного бухгалтера, а не как сейчас - любой лишь бы подешевле. Новый бухгалтер будет оценивать состояние учета в организации, а потом уже принимать решение о трудоустройстве. Если раньше он мог сдать декларацию по НДС фактически любую, а потом принести уточненную месяца через три, то сейчас это практически невозможно.
Данные, отраженные в декларации по НДС, будут иметь расшифровку, а значит учет для такой сдачи должен быть практически идеальный. Иначе бухгалтер просто не сдаст декларацию или сдаст больший НДС к уплате.

По своему опыту могу сказать, в тех странах, где введена сдача отчетности в таком виде, компании создают налоговые отделы или вводят должность налогового менеджера, который и отвечает за сдачу отчетности в электронном виде.
В первую очередь разъяснительная работа должна быть проведена с директорами компаний. В противном случае многие компании не смогут сдать декларацию по НДС.

а как его правильно составить?

думаю что лучше всего обратиться за помощью к профи